Les formations EEA sont adossées à de grands laboratoires de recherche. Les équipes de formation constituées d'enseignants-chercheurs et de chercheurs de ces laboratoires et d'acteurs du secteur industriel permettent l'intégration dans les formations des dernières avancées du domaine de la recherche en cohérence avec les besoins industriels.

Laboratoires toulousains

LAAS Laboratoire d'Analyse et d'Architecture des Systèmes du CNRS
LAPLACE Laboratoire Plasma et Conversion d'Energie
ainsi que :  
CEMES Centre d'Elaboration de Matériaux et d'Etudes Structurales
CESBIO Centre d'Etudes Spatiales de la BIOsphère
IRAP Institut de Recherche en Astrophysique et Planétologie
IRIT Institut de Recherche en Informatique de Toulouse
LGC Laboratoire de Gestion et Cognition
LPCNO Laboratoire de Physique et Chimie de Nano-Objets
PHASE Laboratoire Physique de l'Homme Appliquée à Son Environnement

Laboratoires régionaux et nationaux

CNRM Centre National de Recherches Météorologiques, Météorologie Nationale
CGI Centre de Génie Industriel, Ecole des Mines d'Albi-Carmaux
LNCMI Laboratoire National des Champs Magnétiques Intenses, Grenoble
LGP Laboratoire Génie de Production, Tarbes
TeSA Laboratoire Coopératif en Télécommunications Spatiales et Aéronautiques (INPT, ENAC, ISAE, ENST, ONERA), Toulouse